Après avoir été impliquée dans un complot terroriste mondial, l’agence Mission Impossible est contrainte de cesser ses activités. Le Protocole Fantôme est mis en place : Ethan Hunt et sa nouvelle équipe doivent opérer dans le secret pour blanchir le nom de leur organisation. Aucune aide, aucun , isolation totale. Cette mission va s'avérer être la plus dangereuse et la plus intense qu'ils aient eu à remplir.